Schon im 16. Jahrhundert muss in Beilingen mit hoher Wahrscheinlichkeit eine kleine Kapelle, die dem Hl. Johannes geweiht war, gestanden haben.
Bereits 1713 wird von einem Teilneubau dieser Kapelle berichtet (BAT). Sie war der Pfarrei Speicher zugeordnet (1777).
Im Jahre 1854 beschloss der Gemeinderat eine neue Kirche zu errichten. Mit dem Neubau wurde 1855 ein Bauunternehmer aus Röhl beauftragt.
Die Orts- und Kirchengemeinde befassten sich 1982 mit der Renovierung der Filialkirche. Mit der Benediktion des neuen Altares fand diese dann 1989 ihren Abschluss.
Am 1. Januar 2023 erfolgte die Aufhebung der Pfarrei Speicher mit der Filialkirche Beilingen im Dekanat Bitburg und ein Zusammenschluss mit der neu errichteten Pfarrei Speicher St. Peter und Paul im pastoralen Raum Bitburg. Die Filialkirche Beilingen wird Kirche der neu errichteten Pfarrei Speicher St. Peter und Paul. Die Kirche behält ihren Patronatsnamen und ihr Kircheninventar.